Из-за смыкания изостыка участок между четными предвходным и входным светофорами станции Крыжовка показывал ложную занятость. Вызванный электромеханик СЦБ Кухорев приступил к ремонту изостыка, открывая предвходной светофор при помощи перемычек в монтажном шкафу перед каждым поездом, нарушая тем самым ПТЭ и должностную иструкцию. После прохода электропоезда №548 (ЭР9п-354) он отвлекся и не снял перемычки.
    Электропоезд прибыл на ст.Крыжовка в 17.00, но из-за технической неисправности (отказ фазорасщепителя одной из секций) не смог отправиться дальше. Высадка пассажиров произведена не была, и за дополнительное время стоянки электропоезд заполнился очень плотно.
    В 17.09 к станции подошел пассажирский поезд №280, управляемый в одно лицо машинистом А.Якубовским. Определив разность показаний локомотивного (красно-желтый) и напольного (зеленый) светофора, он принял решение руководстоваться показанисями напольного и на скорости около 52 км/час его проследовал. Дежурная по станции не предупредила его по радиосвязи о незапланированной остановке электропоезда №548. Виднеющийся впереди электропоезд (пассажирские платформы в Крыжовке расположены между четным входным и предвходным сигналами) он принял за встречный.
    Примерно за 100 метров до столкновения машинист поезда №280 понял что электропоезд стоит на его пути, применил экстренное торможение и убежал в машинное отделение. К моменту столкновения скорость упала только до 35 км/час, при мощном ударе последний вагон электропоезда испытал сильную деформацию, а передняя часть тепловоза ТЭП60 была разбита. Погибло 19 человек, еще трое позже скончались в больницах.